在河道设置或扩大排污口，应报环境保护部门审批，审批前应先征求水务主管部门的意见;排放污水的流量、水质应定期报告环境保护部门，环境保护部门应定期向水务主管部门转达污水排放的情况。
在河道管理范围内兴建工程设施，应当接受市、区水务主管部门的监督。工程项目的性质、规模、地点或施工方案作较大变动的，应事先征得市或区水务主管部门的同意。 在汛期施工的，建设单位和施工单位应按市、区水务主管部门的防洪安排采取相应的防洪措施。
河道不得覆盖或填堵。因城市发展确需覆盖或填堵的，应经市水务主管部门会同市规划国土、环保、城管等部门审查同意后，报市政府批准。
经市政府批准覆盖的河段，由市或区水务主管部门根据淤积情况组织清淤，因覆盖所增加的清淤费用由覆盖单位承担。
填堵河道需实施水系调整的，所需费用由填堵单位承担。
兴建工程设施造成水工程设施损坏或河道淤积的，由市或区水务主管部门责令建设单位按原技术标准限期修复或清淤;逾期仍未修复或清淤的，由市或区水务主管部门组织修复或清淤，所需费用由建设单位承担。
建设单位未于限期内修复或清淤造成他人损失的，应负赔偿责任。
为加强河道管理，确保防洪防潮安全，发挥河道的综合效益，改善环境，保障经济建设和人民生命财产安全，根据法律、行政法规的有关规定，结合我市的实际，制定本条例。
工程设施竣工验收应有市或区水务主管部门参加，建设单位应于验收日十五日前将有关文件资料报送市或区的水务主管部门。
在河道管理范围内兴建工程设施(包括兴建桥梁、码头、道路、涵闸、泵站及其他工程设施，埋设管道、缆线)的，应符合河道防洪标准、岸线规划和航道要求，保证行洪通畅，不得影响堤防安全、河势稳定。
在河道管理范围内不得修建房屋。
工程修建维护管理费应开设专项帐户，专款用于堤防、水闸和防洪排涝工程的修建、维护和管理，不得挪作他用。
工程修建维护管理费的收支应接受财政、审计部门的监督检查。
未经批准擅自在河道管理范围内兴建工程设施的，由市、区水务主管部门责令其立即停工，补办有关手续，并处以一万元以上三万元以下罚款;工程不符合本条例第八条要求的，应限期恢复原状，不得再建，并处以一万元以上三万元以下罚款。
经批准的工程设施在施工中不按照审查同意书的要求施工的，市、区水务主管部门应责令其限期改正。
因兴建工程设施确需临时占用河道管理范围内水域或陆域的，应经市或区水务主管部门批准，但不得修建临时建筑物、构筑物。
临时占用的期限不得超过两年，确需延期的，可以申请延期一次，延长期不得超过一年。 占用期满后，占用单位或个人应按市或区水务主管部门指定的期限恢复原状，逾期不恢复的，由市或区水务主管部门组织恢复，所需费用由占用单位或个人承担。
市政府水务行政主管部门(以下简称市水务主管部门)是我市河道管理的主管部门。
深圳经济特区内河道由市水务主管部门负责管理;特区外河道由所在区政府水务主管部门(以下简称区水务主管部门)在市水务主管部门的指导下负责管理;河道跨区的，在市水务主管部门协调下分工管理。
深圳市与周边地区之间界河和跨市河流的管理办法由市政府报请上级政府确定。
当事人对处罚、处理决定不服的，可以在知道该决定之日起十五日内，向有管辖权的上级行政机关申请复议;对复议决定不服的，可以在收到复议决定书之日起十五日内，向人民法院起诉。当事人也可以在知道处罚、处理决定之日起十五日内，直接向人民法院起诉。
当事人逾期不申请复议或者不向人民法院起诉又不履行处罚、处理决定的，由作出决定的机关申请人民法院强制执行。
人为水土流失造成河床淤积，抬高河流水位，危害防洪安全的，市、区水务主管部门应责令当事人限期清淤疏浚河道;逾期不清淤的，由市、区水务主管部门组织清淤，所需费用由当事人承担，并处以五万元以上十万元以下罚款。
运输行政主管部门可根据需要在具有航运功能的河段上，设立航标等助航设施。为维护河道两岸堤防的安全，运输行政主管部门应在通航河道上设立限制航速的标志，通航船舶不得超速行驶。
河道管理工作人员玩忽职守的，由其所在单位或者上级主管机关给予行政处分;对国家和人民生命财产造成重大损失构成犯罪的，由司法机关依法追究其刑事责任。
违反本条例第十七条第(三)或(四)项和第十八条规定的，市、区水务主管部门应予以制止，并将情况通报环境保护部门，由环境保护部门依法予以处罚。